Afyon Kocatepe Üniversitesi Kalite Yönergesinin 7/1/c. maddesine göre kalite komisyonu, ilgili mevzuata aykırı olmamak şartıyla ihtiyaç duyulması halinde kararlaştıracağı konularda araştırma ve değerlendirme yaptırmak ve rapor hazırlatmak amacıyla konuya özgü geçici “Çalışma Grupları” kurabilir. Bu çalışma grupları komisyonun teklifi üzerine Rektör tarafından komisyon üyelerinden birisi başkanlığında konunun uzmanı kişilerden oluşur. Çalışma grubu tarafından hazırlanan raporlara dayanarak komisyon, kurumsal olarak rapor ve benzeri belgeler hazırlar veya ilgili konu hakkında karar verir. Bu maddeden hareketle Kurum İç Değerlendirme Raporunun hazırlık aşamasında her bir ana başlık için oluşturulan çalışma grupları aşağıdaki tabloda yer almaktadır.
| 2021 | 2022 | 2023 | 2024 | 2025 |